Fonctionnement et calcul des IJSS

Les salariés en arrêt de travail pour maladie, accident de travail ou encore en congé maternité sont indemnisés. En effet, ils reçoivent des indemnités journalières de la part de la sécurité sociale, les IJSS. Comment calculer les IJSS ? Comment fonctionne le versement des IJSS ? Qui peut en bénéficier ? Fiche-paie vous répond.

1- Qu'est-ce que les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) ?

Quelle est la définition d'une IJSS ?

Les IJSS sont des indemnités que la CPAM (assurance maladie) verse aux salariés suite à l‘envoi d’un arrêt de travail ou dans le cadre de certains congés indemnisés. Le versement de ces indemnités qui permettent aux salariés de recevoir une indemnisation en cas d’incapacité temporaire de travail, le sont sous certaines conditions.

Quand sont versées les IJSS ?

👉 Les IJSS sont versées aux salariés dans les cas suivants :

• Arrêt de travail : pour maladie, maladie professionnelle, accident du travail ou de trajet, cure thermale;
• Temps partiel thérapeutique ;
• Congé maternité et assimilés : maternité, pathologique prénatal et postnatal, paternité, adoption, accueil de l’enfant, de deuil.

2- Qui a droit aux IJSS ?

Le versement des IJSS n’est pas automatique. En effet, pour avoir droit au versement des IJSS, certaines conditions doivent être respecter. Ces conditions sont différentes selon la nature de l’arrêt de travail.  

 

Conditions au versement des IJSS

Origine de l’arrêt de travail	Conditions
Maladie non professionnelle	Le salarié doit justifier d’une cotisation minimale à l’Assurance Maladie.
Temps partiel thérapeutique	Le salarié doit justifier d’une cotisation minimale à l’Assurance Maladie.
Cure thermale	Le salarié doit justifier d’une cotisation minimale à l’Assurance Maladie.
Accident de travail / Maladie professionnelle	Aucune condition d’affiliation à l’Assurance Maladie n’est requise
Congé de maternité, congé d’adoption, congé de paternité et d’accueil de l’enfant et congé de deuil	Le salarié doit justifier d’une cotisation minimale et d’une durée d’affiliation suffisante à l’Assurance Maladie.

💼 Lire aussi : La procédure de déclaration d’arrêt de travail

3- Pourquoi l'employeur déduit-il les IJSS ?

👉 Dans certains cas, l'employeur doit déduire les IJSS de la rémunération du salarié. Cependant, cette déduction des IJSS n'est pas automatique. Tout dépend si l'employeur applique ou non la subrogation.

Quelles sont les IJSS déduites de la fiche de paie ?

En principe, les indemnités journalières de Sécurité Sociale sont versées par la Sécurité Sociale et plus précisément par la CPAM (Caisse primaire d’Assurance Maladie) du département du domicile du salarié. On parle de non subrogation ou d’IJSS non subrogées.

Les IJSS non subrogées ne figurent pas sur la fiche de paie du salarié car le paiement des IJSS est effectué par la CPAM. En revanche l‘employeur fait figurer une retenue sur salaire pour absence sur le bulletin de salaire. Ainsi, si un salarié est absent tout le mois et que l’employeur ne pratique pas de maintien de salaire, une fiche de paie peut-être à 0€.

Quelles sont les IJSS non déduites de la fiche de paie ? 

L'employeur peut demander ce que l’on appelle la subrogation, notamment s'il garantit le maintien total ou partiel de la rémunération du salarié absent. Dans ce cas, les IJSS sont versées par la CPAM à l’employeur (et non pas directement au salarié) et c'est l'employeur qui les reverse au salarié. 

Les IJSS subrogées doivent alors figurer sur la fiche de paie car versées par l’employeur.

⚠️ Attention : Dans tous les cas, les indemnités journalières de Sécurité Sociale sont décomptées en jours calendaires, c’est-à-dire  tous les jours : du lundi au dimanche, jours fériés compris.

4- Comment calculer les IJSS ? 

👉 Le calcul des IJSS diffère selon l'origine de l'arrêt de travail : accident de travail ou maladie professionnelle (AT/MP), maladie ou encore congé maternité et assimilé. 

Comment calculer les IJSS en cas d’AT/MP ?

Le calcul des IJSS en cas d’accident du travail et de maladie professionnelle, se base sur le SJR (salaire journalier de référence).

Le SJR est calculé à partir du salaire brut du mois précédent l’accident du travail (ou maladie pro) et s’obtient via la formule suivante : salaire brut / 30,42 = salaire journalier de base.

Les IJSS sont ensuite calculées selon un pourcentage de ce salaire journalier de référence qui varie en fonction de la durée de l’arrêt de travail : 

Pendant les 28 premiers jours d’arrêt	A partir du 29ème jour d’arrêt	Au-delà de 3 mois d’arrêt
IJSS = égale à 60% du salaire journalier de référence, soit 240,49€ maximum en 2026.	IJSS = égale à 80% du salaire journalier de référence, soit 320, 66€ maximum  en 2026.	IJSS = peut-être revalorisée à la demande du salarié

💡 Il n’y a pas de délai de carence en cas d’AT/MP.

⚠️ Attention : le montant des IJSS ne peut être supérieur au gain journalier net perçu avant arrêt de travail plafonné à 0,834% du plafond annuel de la sécurité sociale (PASS).

Comment calculer les IJSS en cas de maladie non professionnelle ?

Le calcul des IJSS en cas de maladie non professionnelle, se base sur le salaire journalier de référence.

Le SJR est calculé à partir de la moyenne des salaires bruts des 3 derniers mois précédant l’arrêt (12 mois en cas d’activité saisonnière). Il s’obtient via la formule suivante : total des 3 derniers salaires bruts perçus avant l’arrêt de travail/ 91,25 (= nombre de jours moyen d’un mois x3) .  

En cas d’arrêt de travail pour maladie non professionnelle, les indemnités journalières versées par la sécurité sociale :

• correspondent à 50% du salaire journalier de base : 85,94€ maximum à partir du 1er juillet 2026 ( 1,4 SMIC x3 /91,25) ;
• sont limitées à 1,4 SMIC, soit 2613,82 à partir du 1er juillet 2026 ;
• dans la limite de 360 indemnités par période de 3 ans consécutifs.

💡 Un délai de carence de 3 jours s’appliquant, le versement de l’IJSS n’intervient qu’à compter du 4ème jour après l’arrêt de travail.

⚠️ Attention : En cas d’affection de longue durée (ALD), cette indemnisation est portée à 3 ans sans limitation du nombre d’indemnités.

Comment calculer les IJSS en cas de congé maternité et assimilés ? 

Le calcul des IJSS en cas de congé maternité et assimilés se base sur le Gain journalier net.

Le gain journalier net est calculé à partir de la moyenne des salaires bruts des 3 derniers mois précédant le congé (12 mois en cas d’activité saisonnière) et doit prendre en compte la déduction d’un montant forfaitaire de 21% correspondant à la part salariale des cotisations sociales, et des contributions obligatoires (CSG et CRDS).

Il s’obtient via la formule suivante : 3 salaires bruts x 79% / 91,25, soit 104,02€ maximum à partir de juin 2026. 

Il n’y a pas de délai de carence en cas de congé maternité et assimilés.

5- Les IJSS sont-elles imposables ? 

👉 Certaines IJSS ne sont pas ou sont partiellement imposables à l'impôt sur le revenu, d'autres le sont complètement. Tout dépend de  la nature de l’arrêt de travail.

Quelles sont les IJSS exonérées d'impôt sur le revenu ? 

Les indemnités de sécurité sociales bénéficient d'un régime fiscal différent selon la nature de l'arrêt. 

Régime fiscal des IJSS selon la nature de l'arrêt

Nature de l’arrêt	Impôt sur le revenu
AT/MP	Soumises à l’impôt sur le revenu pour 50% de leur montant. Les IJSS pour AT/MP sont déductibles à 50% de l'assiette du prélèvement à la source.
Maladie (non professionnelle)	Soumises à l’impôt sur le revenu pour 100% de leur montant.  Les IJSS maladie entrent à 100% dans l'assiette du prélèvement à la source. Elles ne sont pas exonérées d'impôts.
En cas d’ALD	Les IJSS pour affection de longue durée (ALD) sont exonérées d’impôt pour 100 % de leur montant. Les IJSS affection de longue durée n'entrent pas dans l'assiette du prélèvement à la source.
Congé maternité et assimilé	Soumises à l’impôt sur le revenu pour 100% de leur montant. Les IJSS maladie entrent à 100% dans l'assiette du prélèvement à la source. Elles ne sont pas exonérées d'impôts.

 

Qui déclare les IJSS à l’administration fiscale ?

👉 Il revient à l’organisme qui verse les revenus au salarié de procéder au prélèvement à la source sur les IJSS.

🛑 Rappel : certaines IJSS sont exonérées partiellement d’impôt sur le revenu en fonction de l’origine de l’arrêt de travail.

Déclaration des IJSS non subrogées

Les IJSS imposables sont déclarées à l’administration fiscale par la CNAM (Caisse Nationale d’Assurance Maladie). L’employeur doit donc calculer un net fiscal (ou net imposable) qui peut différer de l’assiette du prélèvement à la source.

Déclaration des IJSS subrogées

En cas de subrogation, le taux de PAS s’applique au montant suivant : net fiscal + IJSS imposables (versées par l‘employeur). Le prélèvement à la source doit être effectué par l'employeur.

Où trouver le décompte des IJSS ?

Décompte des IJSS en cas de non subrogation 

👉Le salarié percevant directement les IJSS, celui-ci peut les télécharger sur son espace personnel Ameli. Si l’employeur pratique le maintien partiel ou total du salaire, celui-ci peut demander au salarié de fournir ses décomptes IJSS.

Décompte des IJSS en cas de subrogation 

👉 L'employeur percevant les IJSS de la sécurité sociale, celui-ci peut directement télécharger les décomptes IJSS de ses salariés via le portail Net-entreprises > Rubrique « Bordereau de paiement pour le versement des indemnités journalières » (BPJI).

6- Quelles sont les cotisations sociales sur les IJSS ?

👉 Les cotisations sociales sur les IJSS dépendent de la nature de l'arrêt. 

Quelles cotisations sociales sur les IJSS en cas d’AT/MP ?

Régime social des IJSS en cas d'AT/MP

Cotisations sociales	CSG /CRDS
Exonérées totalement	Soumises à la CSG (6,2%) et à la CRDS (0,5%) : une partie de la CSG (3,80%) est déductible fiscalement.  la CSG à 2,40% et la CRDS ne sont pas déductibles fiscalement. L'assiette du prélèvement à la source (PAS) correspond au montant des IJSS brutes déduction faite de la CSG à 3,80%.

 Exemple de calcul : du montant d’IJSS brutes au montant d’IJSS nettes

Comment passer du montant d’IJSS brutes au montant d’IJSS nettes ? Voici un exemple :

• IJSS brutes = 500€
• IJSS nettes versées au salarié = 500 – (500 x 6,7%*) = 466,5€
• Montant devant être intégré dans l’assiette du PAS = [500 – (500 x 3,8%)] x 50% = 240,5€

*6,7% =  CSG (6,2%) +  CRDS (0,5%).

Quelles cotisations sur les IJSS en cas de maladie non professionnelle ?

Régime social des IJSS maladie 

Cotisations sociales	CSG /CRDS
Exonérées totalement	Soumises à la CSG (6,2%) et à la CRDS (0,5%).  Une partie de la CSG (3,80%) est déductible fiscalement. La CSG à 2,40% et la CRDS ne le sont pas. L’assiette du prélèvement à la source (PAS) correspond au montant des IJSS brutes déduction faite de la CSG à 3,80%.

 

Quelles cotisations sur les IJSS en congé maternité et assimilés ? 

Régime social des IJSS maternité

Cotisations sociales	CSG /CRDS
Exonérées totalement	Soumises à la CSG (6,2%) et à la CRDS (0,5%) dont 3,80 % déductible fiscalement. L’assiette du prélèvement à la source (PAS) correspond  montant des IJSS brutes déduction faite de la CSG à 3,80%.

 

Comment éviter qu’un salarié gagne plus en arrêt ?

Comme nous venons de le voir, les IJSS sont partiellement ou totalement exonérées de cotisations sociales et CSG/CRDS. Or, si l’employeur fait le choix de maintenir intégralement la rémunération du salarié, celui-ci perçoit alors une rémunération supérieure à celle qu’il aurait perçu s’il avait travaillé.

Si le maintien du net est prévu dans une convention ou un accord collectif, vous devez calculer ce que l’on appelle la garantie du net. Celle-ci permet de neutraliser le gain sur le salaire net du fait de l’exonération de cotisation sociale.

La garantie du net est déduite du salaire brut.

📝 Formule de calcul de la garantie du net : salaire brut - IJSS brutes - salaire brut résiduel

7- Exemple d’une fiche de paie avec IJSS  

Voici un exemple de fiche de paie avec IJSS.

Dans cette exemple, l'employeur ne pratique pas la subrogation ni le maintien de salaire. Il y a donc une retenue sur salaire pour signaler l'arrêt de travail et le paiement des IJSS par l'assurance maladie. 

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