Sommaire
image page

Arrêt de travail : comment cela fonctionne ?

Article mis à jour le 25/07/2026
Publication initiale le 07/09/2023
4.6/5
Basé sur 14 avis
image auteur
Aurore R.

Avec 15 années d’expérience juridique et sociale, Aurore transmet son expertise paie et SIRH au travers d’articles pédagogiques pour vous simplifier la paie.

Partager l'aide

Un arrêt de travail doit faire l’objet d’un signalement et doit apparaître sur la fiche de paie du salarié pendant toute la période concernée. Au delà de la reprise de l'arrêt sur le bulletin de paie, l’arrêt de travail doit également être signalé aux organismes sociaux par l’intermédiaire de la Déclaration Sociale Nominative.

1- Quelle différence entre arrêt de travail et arrêt maladie ?

👉 L’arrêt maladie est un type d’arrêt de travail particulier. 

Un salarié peut être en arrêt de travail pour différentes raisons : 

Un arrêt de travail pour maladie : le salarié a attrapé une grippe et doit se reposer quelques jours chez lui. Dans ce cas, il demandera un arrêt à son médecin. On dit qu’il est en arrêt maladie non professionnelle car elle n’est pas due à son environnement de travail.

Un arrêt de travail pour accident du travail ou maladie professionnelle : l’origine de l’arrêt de travail est professionnel. Le salarié a pu se blesser au cours de sa journée de travail ou a développé une maladie dans le cadre de son activité professionnelle. Dans ce cas on parle d’arrêt de travail pour accident du travail ou maladie professionnelle : ATMP

L’arrêt de travail englobe toutes les cause d’absence pour raison de santé.

2- Quelles sont les obligations de l’employeur en cas d’accident du travail ?

Le régime de l’accident du travail se distingue de celui des autres absences de santé. Il fait l’objet d’un traitement particulier en paie, et plus largement, au niveau des ressources humaines.

Qu’est-ce qu’un accident du travail ?

👉 Le code de la sécurité sociale définit l’accident du travail en son article L411-1 ainsi : « Est considéré comme accident du travail, quelle qu'en soit la cause, l'accident survenu par le fait ou à l'occasion du travail à toute personne salariée ou travaillant, à quelque titre ou en quelque lieu que ce soit, pour un ou plusieurs employeurs ou chefs d'entreprise.»

Pour être considéré comme accident du travail, l’événement doit :

  1. se produire sur le lieu de travail : si un salarié travaille en mission chez un client, ce lieu est considéré comme son lieu de travail ;
  2. survenir durant les horaires de travail y compris durant les temps de pause ;
  3. causer une lésion, qu’elle soit physique ou psychologique (ex : Cour Cass. du 1er juillet 2003).

Tout accident qui se produit sur le lieu de travail est présumé être un accident du travail.

Qui doit envoyer l’arrêt de travail à la CPAM ?

Voici les 3 étapes de déclaration d'un accident du travail :

1-Déclarer l’accident du travail à la CPAM

Le salarié victime d’un accident du travail doit informer son employeur dans les 24h suivant la survenance de l’événement. Suite à cette information, l‘employeur effectue une déclaration à la CPAM dans les 48h suivant la notification par le salarié, dimanches et jours fériés n’étant pas compris dans ce délai.

Cette formalité est obligatoire. Une absence de déclaration ou une déclaration hors délai est passible d’une amende pouvant aller jusqu’à 3750€ pour une personne morale.

Les documents à remettre à la CPAM et au salarié

2- Transmettre l'attestation de salaire  à la CPAM

Si l’accident donne lieu à un arrêt de travail, l'employeur transmet à la CPAM une attestation de salaire qui permettra de calculer les indemnités journalières auxquelles a droit le salarié.

L’employeur est tenu de préciser si le salaire est maintenu car dans ce cas, l’employeur perçoit les indemnités journalières (subrogation).

Lorsque le salarié reprend le travail, l’employeur doit établir une nouvelle attestation de salaire précisant la date de reprise effective de travail.   

3-Remettre la feuille d’accident au salarié

Cette feuille d’accident remise au salarié lui permet de bénéficier du tiers payant afin que les frais médicaux engendrés par l’accident du travail lui soient remboursés à 100% sans avance de frais. L’employeur peut la demander à sa CPAM ou se la procurer directement sur le site internet de la sécurité sociale (ameli.fr)

Quel salaire pendant un accident du travail ? 

L’accident du travail est indemnisé par le versement d’indemnités journalières de sécurité sociale (les IJSS) calculées sur la base d’un salaire journalier de référence.

Qui paie les IJSS en cas d'accident du travail ?

👉 Les IJSS sont calculées selon un pourcentage de ce salaire journalier de référence qui varie en fonction de la durée de l’arrêt de travail. Le montant des IJSS ne peut être supérieur au gain journalier net perçu avant arrêt de travail et il est plafonné à 0,834% du plafond annuel de la sécurité sociale (PASS).

  • Pendant les 28 premiers jours d’arrêt : l’indemnité journalière est égale à 60% du salaire journalier de référence.
  • A partir du 29ème jour d’arrêt : l’indemnité journalière est portée à 80% du salaire journalier de référence
  • Au-delà de 3 mois d’arrêt : l’indemnité journalière peut être revalorisée à la demande du salarié

Les IJSSAT sont versées par la CPAM au salarié sauf en cas de subrogation de salaire. Ce dispositif permet à l’employeur de faire l’avance des IJSS nettes au salarié, puis la CPAM verse le montant des IJSS à l’employeur qui se rembourse. Dès lors que l’employeur maintient le salaire, la subrogation s’effectue de plein droit sans que le salarié puisse s’y opposer.     

⚠️ Attention : le versement des IJSS ne commence qu’à partir du premier jour d’arrêt de travail. Le jour de l’accident du travail est intégralement payé par l’employeur, à taux plein.

Qui paie les indemnités complémentaires en cas d'accident du travail ?

Le maintien de salaire s’entend déduction faite des IJSSAT. Ainsi, l’employeur déduit du montant du salaire maintenu le montant des IJSS afin de verser un différentiel.

  • En cas de subrogation : l’employeur verse au salarié le montant de son salaire maintenu (montant des IJSS + montant de l’indemnité complémentaire). La CPAM verse à l’employeur les IJSS.
  • En cas de non-subrogation : la CPAM verse les IJSS, et l’employeur les indemnités complémentaires permettant d’atteindre le maintien de salaire. 

L’employeur doit obligatoirement verser une indemnité complémentaire si les conditions sont remplies par le salarié. 

En cas d’AT, les IJ complémentaires sont dues sans délai de carence. Le montant de l’indemnisation complémentaire varie en fonction de la durée de l’arrêt et de l’ancienneté :

  • 30 premiers jours d’arrêt : 90% de la rémunération brute qu’aurait perçue le salarié
  • 30 jours suivants : 66% de la rémunération brute qu’aurait perçue le salarié

👉 Pour tout savoir sur les indemnités complémentaires versées par l'employeur, voici notre guide :  Fonctionnement du maintien de salaire.

3-Quelles sont les obligations de l'employeur en cas de maladie non professionnelle ?

Une maladie non professionnelle est due à un état de santé ne permettant pas au salarié d’exécuter son contrat de travail. Toutefois, à la différence d’une maladie professionnelle, cet état de santé n’est pas imputable aux conditions de travail. Comment la traiter sur la fiche de paie du salarié ?

Qui doit envoyer l'arrêt de travail à la CPAM ?

48 heures pour informer l’employeur

👉 Le salarié doit informer son employeur et lui faire parvenir le certificat médical prescrivant l’arrêt de travail dans les 48 heures. Un accord collectif ou le règlement intérieur peuvent prévoir un délai plus long.

⚠️ Attention : Si le salarié n’informe pas son employeur dans les délais attendus, son absence sera considérée comme injustifiée et pourra être sanctionnée.  

Les documents à remettre à la CPAM

En cas d’arrêt de travail, l‘employeur doit transmettre à la CPAM une attestation de salaire lui permettant de calculer l’indemnisation que touchera le salarié. Celle-ci peut être établie directement sur le site net-entreprises.fr

Quel est le salaire en cas de maladie ?

En cas de maladie le salarié peut bénéficier d'indemnités versées par la sécurité sociale et l'employeur. 

Qui paie les IJSS dans ce cas ?

👉Sous certaines conditions, l’assurance maladie verse des indemnités journalières au salarié malade pour compenser l’absence de salaire durant l’arrêt de travail. Le délai de carence est de 3 jours. 

Les indemnités journalières versées par la sécurité sociale lors d'un arrêt correspondent à 50% du salaire journalier de base, et sont limitées à 1,8 SMIC.

Le salaire journalier de base est calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 derniers mois précédant l’arrêt (12 mois en cas d’activité saisonnière).  

Le versement de la CPAM s’effectue dans la limite de 360 indemnités par période de 3 ans consécutifs. En cas d’affection de longue durée (ALD), cette indemnisation est portée à 3 ans sans limitation du nombre d’indemnités.

Qui paie les indemnités complémentaires en cas de maladie ?

👉 L’employeur peut être dans l‘obligation de verser une indemnité complémentaire. 

En cas d’arrêt de travail pour maladie non professionnelle, un délai de carence de 7 jours est prévu avant versement de l’indemnisation. A moins d’un accord collectif ou de dispositions conventionnelles plus favorables, le versement par l’employeur des indemnités complémentaires commencent au 8ème jour de l’arrêt de travail, ceux de la CPAM au 3ème.

Le montant de l’indemnisation complémentaire varie en fonction de la durée de l’arrêt et de l’ancienneté :

  • 30 à 90 premiers jours d’arrêt (selon l’ancienneté) : 90% de la rémunération brute qu’aurait perçue le salarié
  • 30 à 90 jours d’arrêt suivants (selon l’ancienneté) : 66,66% de la rémunération brute qu’aurait perçue le salarié.

Pour calculer le montant de l’indemnisation complémentaire, l’employeur doit déduire du montant du salaire maintenu le montant des IJSS afin de verser un différentiel.

Certaines dispositions conventionnelles prévoient des dispositions plus favorables comme un maintien de salaire à 100%.

4- Est-ce que les congés payés sont acquis en arrêt de travail ? 

👉 Oui. Les salariés acquièrent des congés payés durant leur arrêt de travail pour maladie ou ATMP. 

Le nombre de jours ouvrables acquis dépend de la nature de l’arrêt de travail :

  • Si le salarié est en arrêt de travail pour maladie non professionnelle : l’acquisition de congé est limitée à 2 jours ouvrables par mois (24 jours ouvrables par période de référence).
  • Si le salarié est en ATMP : cette limite ne s’applique pas. Le salarié acquiert 2,5 jours de CP par mois (30 jours ouvrables par mois).

💡 Pour tout savoir, consultez notre guide :  Les règles de l'acquisition de CP en arrêt de travail

5- Comment déclarer l’arrêt de travail ?

👉 Un arrêt de travail est déclarés via la DSN

Les délais de transmission du signalement de l’arrêt de travail en DSN dépend si les IJSS sont ou non subrogées :

  • En DSN événementielle : Si l’employeur ne pratique pas la subrogation, l’employeur est tenu de déclarer l’arrêt de travail en DSN dans les 5 jours suivant la connaissance de celui-ci.
  • En DSN mensuelle : Si l’employeur pratique la subrogation, l’arrêt de travail doit être signalé en DSN soit au fur et à mesure, soit à la même échéance que la DSN mensuelle.

📝 Pour mémoire : si l’employeur pratique la subrogation, c’est lui qui verse les IJSS au salarié. La CPAM le rembourse ensuite du montant des IJSS versées. La demande de subrogation s’effectue lors du signalement de l’arrêt de travail dans la DSN ou lors de l’établissement de l’attestation de salaire.

A la reprise du travail par le salarié, il suffit de saisir la date de reprise réelle dans votre solution de paie. Celle-ci alimentera automatiquement la DSN pour transmettre l’information à l’administration et clôturer l’arrêt de travail.

6- Comment faire une fiche de paie avec arrêt de travail ?

Tutoriel vidéo

Comment établir une fiche de paie avec un arrêt de travail  ?

Tutoriel simplifié

La gestion d’un arrêt de travail avec notre logiciel de paie est simplifiée.

À l’étape de création d'une fiche de paie, suivez les instructions suivantes  :

1. Cliquez sur « Ajouter des options » :

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°1

2. Vous obtenez la vue suivante :

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°2

3. Cliquez sur "Arrêts" :

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°4

4. Cliquez sur le bouton "Ajouter un arrêt"

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°4

5. Complétez les champs requis pour enregistrer l'arrêt de travail ou maladie du salarié :

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°5

(1) indiquez la date du dernier jour travaillé par le salarié dans l'entreprise

(2) indiquez la date de fin prévisionnelle de l'arrêt de travail, elle est obligatoirement indiquée

(3) Sélectionnez dans la liste déroulante le motif de l'arrêt de travail ou maladie

Maladie

Maternité

Paternité

Congé suite à un accident de trajet

Congé suite à maladie professionnelle

Congé suite à accident de travail ou de service

Femme enceinte dispensée de travail

Temps partiel thérapeutique

Adoption

Annulation

6. Différentes options sont disponibles pour l'arrêt de travail ou de maladie :

Exemple, la reprise exacte connue : Il s'agit de la date à laquelle le salarié est considéré, par le corps médical, apte à exercer à nouveau une activité professionnelle. Il s’agit de la date de reprise réelle au sein de l'entreprise et non de la date de reprise prévisionnelle.

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°6

Une fois la case cochée, vous devez renseigner les champs demandés tels que : 

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°7

La subrogation :

Cochez la case correspondante lorsque l'entreprise prend en charge les jours d'arrêt maladie.

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°8

Une fois la case cochée, vous devez renseigner les champs demandés tels que :

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°9

Le complément de salaire :

Cochez la case correspondante lorsque l'entreprise maintient le salaire du salarié sans faire de subrogation.

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°10

Sélectionnez ensuite le pourcentage de prise en charge du complément de salaire versé par l'entreprise :

Vous disposez d'une page d'aide relative au complément de salaire

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°11

Il existe plusieurs taux de maintien de salaire, il convient de sélectionner celui souhaité dans la liste déroulante :

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°12

Dans cet exemple, le nombre de jours d'arrêt est de 20. Nous avons ajouté un complément de salaire mais avec 7 jours de carence, soit 4 de plus que les 3 jours de carence de la Sécurité Sociale.

Ainsi, le nombre de jours de maintien de salaire est de 13. (20 - 7 = 13)

Vous pouvez renseigner jusqu'à 2 taux différents de maintien de salaire, en continuant sur ce même exemple nous avons donc mis 6 jours sur 13 à 60% et 7 jours sur 13 à 100% :

Arrêt de travail fiche de paie - Étape N°13

Ainsi dans cet exemple le décompte est le suivant :

20 jours d'arrêt = [ 7 jours de carence complément de salaire qui inclus les 3 jours de carence sécurité sociale ] + [ 13 jours de maintien de salaire, dont 6 jours à 60% et 7 jours à 100% ]


Cliquez ensuite sur « Etape Suivante » afin d'enregistrer votre saisie, puis validez la fiche de paie. Vous retrouverez la fiche de paie faisant apparaître l'arrêt de travail ou de maladie depuis votre compte client.

Pensez également à adresser la DSN ÉVÈNEMENTIELLE corrélative à l'arrêt de travail ou de maladie concerné.

*DJT : Dernier Jour de Travail