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Subrogation de salaire : Comment procéder en cas d'arrêt de travail ?

Article mis à jour le 31/07/2026
Publication initiale le 12/03/2024
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Basé sur 13 avis
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Aurore R.

Avec 15 années d’expérience juridique et sociale, Aurore transmet son expertise paie et SIRH au travers d’articles pédagogiques pour vous simplifier la paie.

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Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail pour maladie ou accident de travail, il perçoit des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS). En principe, ces IJSS sont versées au salarié directement par la sécurité sociale. Cependant, l’employeur peut pratiquer la subrogation et recevoir les IJSS à la place du salarié. Comment fonctionne la subrogation ? Quelles sont les conditions à la subrogation de l’employeur ? Fiche-paie vous répond.

1- Qu'est-ce que la subrogation de salaire ? 

Qu'est-ce que le paiement avec subrogation ?

Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail, il perçoit des indemnités journalières de la part de la Sécurité sociale (IJSS). En principe, ces indemnités journalières sont versées par la Sécurité Sociale et plus précisément par la CPAM (Caisse primaire d’Assurance Maladie) du département du domicile du salarié.

Cela vaut pour les arrêts pour : 

Cependant, en cas d’arrêt de travail, l’employeur peut demander à percevoir les IJSS à la place du salarié. C’est ce qu’on appelle la subrogation. On parle alors d’IJSS subrogées.

👉 On parle alors de subrogation de maintien de salaire car, en contrepartie, l’employeur doit maintenir le salaire à hauteur des indemnités reçues.

Quelle est la différence entre subrogation et maintien de salaire ?

Pour bien comprendre le sujet, il s'agit de revenir sur les liens entre IJSS, maintien de salaire et subrogation. 

Paiement des IJSS et complément de maintien de salaire 

 Le salarié en arrêt de travail peut recevoir deux types d’indemnisations distinctes :

  1. les IJSS versées par la CPAM ; 
  2. le complément de maintien de salaire versé par l’employeur.

Le calcul des indemnités journalières de la Sécurité sociale dépend de la nature de l’arrêt. 

Or, ces IJSS étant plafonnées, à partir du 8ème jour d’absence, l’employeur verse en plus de ces IJSS un complément de salaire calculé selon un pourcentage prédéfini du salaire. C’est ce que l’on appelle le maintien de salaire.

Subrogation et maintien de salaire

En cas de subrogation, les indemnités journalières ne sont pas versées aux salariés directement par la sécurité sociale mais par l'employeur. 

Ainsi, la subrogation des indemnités de sécurité sociale et le maintien de salaire sont deux dispositifs distincts.

Cependant, l’employeur ne peut en aucun cas demander la subrogation des IJSS s’il ne procède pas au maintien de salaire. En effet, la subrogation permet à l’employeur de simplifier le versement de ces deux indemnités au salarié.

⚠️ En revanche, la subrogation n’est pas obligatoire en cas de maintien de salaire. Un employeur peut ne verser que le complément de salaire tandis que le salarié reçoit ses IJSS directement de l’assurance maladie.

👉 En résumé :

  1. Le maintien de salaire est le complément de salaire versé au salarié par l'employeur lors d'un arrêt de travail ;
  2. La subrogation des IJSS consiste pour l’employeur à recevoir le paiement des indemnités de sécurité sociale de la CPAM et à les verser au salarié sur sa fiche de paie ; 
  3. La subrogation n'est pas possible sans maintien de salaire mais l'employeur peut maintenir le salaire sans appliquer la subrogation.

2- Quels sont les avantages de la subrogation ?

Si vous procédez au maintien de salaire, la subrogation des IJSS comporte des avantages aussi bien pour le salarié que pour l’employeur. 

Pour le salarié, ce dispositif permet :

  • d’éviter les décalages entre le versement des IJSS et celui du complément de maintien de salaire ;
  • de bénéficier de ses indemnités plus rapidement puisque c’est l’employeur qui les verse sur son bulletin de salaire ;
  • de percevoir les indemnités de sécurité sociale et le maintient de salaire en un seul versement au lieu de deux.

Pour l’employeur, la subrogation des indemnités de sécurité sociale constitue une simplification en terme de gestion de la paie, à condition de mettre en place un solide processus de gestion des absences.

3- Est-ce que la subrogation est obligatoire ?

L'employeur est-il obligé d'appliquer la subrogation ?

👉 Non. La subrogation des indemnités de sécurité sociale n’est jamais obligatoire.

En effet, la subrogation n’est pas possible sans maintient de salaire mais l’inverse n’est pas vrai. L’employeur n’est pas tenu de procéder à la subrogation en cas de maintien de salaire.

Alors que le dispositif de maintien de salaire peut être obligatoire dans certains cas, la subrogation est un dispositif complètement facultatif.

Ainsi, l’employeur peut verser le complément de salaire sur la fiche de paie du salaire et laisser la CPAM verser les IJSS directement au salarié. Dans ce cas, les IJSS seront matérialisées par une retenue de salaire sur le bulletin.

Le salarié est-il obligé d'accepter la subrogation ?

👉 Oui. Lorsque l’employeur maintient le salaire brut en totalité et qu’il met en place la subrogation, il est subrogé de plein droit dans la perception des IJSS. L’accord du salarié n’est pas nécessaire.

⚠️ Attention : Lorsque le maintien de salaire est partiel, l’accord du salarié n’est pas requis à condition que le salaire maintenu au cours de l’arrêt de travail soit au moins égal aux IJSS dues pour la même période.

4- Quelles sont les conditions de la subrogation de salaire ?

Pour pouvoir mettre en place la subrogation par l'employeur, certaines conditions doivent être remplies :

Les conditions pour l'employeur

Pour mettre en place la subrogation, 2 conditions :

  1. Le contrat de travail ou la convention collective applicable à l’entreprise, doit prévoir le versement d’un complément de maintien de salaire, soit partiel soit total, durant le temps que dure l’arrêt de travail ;
  2. Le montant du salaire maintenu doit être supérieur ou égal aux indemnités de sécurité sociale.

Les conditions pour le salarié

Pour mettre en place la subrogation, l’employeur doit obligatoirement maintenir le salaire. Or, pour bénéficier du maintien de salaire de la part de l’employeur, le salarié doit respecter 2 conditions cumulatives :

  1. Une condition d’ancienneté : le salarié dispose d’au moins 1 an d'ancienneté ( sauf si dispositions plus favorables dans la convention collective ou l‘accord d’entreprise applicable);
  2. Une condition d'affiliation : le salarié est obligatoirement affilié à la sécurité sociale.

5- Comment mettre en place la subrogation par l'employeur ?

👉 La demande de subrogation doit être faite par l’employeur via la Déclaration sociale nominative.

La demande de subrogation est effectuée par l'employeur au moment de signaler l’arrêt de travail via la DSN événementielle  via le formulaire  "Demande de subrogation en cas de maintien de salaire";

L'employeur doit renseigner la période pendant laquelle il souhaite recourir à la subrogation :

  • La date de début de la subrogation,
  • La date de fin de la subrogation,
  • Le compte bancaire sur lequel sont versées les IJSS. 

⚠️ Attention : La date de fin de la subrogation ne correspond pas nécessairement à la date de fin de l’arrêt de travail. Dans tous les cas, la subrogation ne peut continuer au-delà du versement du complément de salaire pour maladie, soit 80 Jours. Par exemple, si un arrêt de travail est établi pour 90 jours, la subrogation s’applique durant 80 jours. Les 10 derniers jours, le salarié perçoit directement les IJSS de la part de sa CPAM.

🛑 On le répète, l'employeur ne peut demander à mettre en place la subrogation que s'il garantit le maintient total ou partiel de la rémunération du salarié absent.

6- Comment savoir si l'employeur applique la subrogation ?

Il suffit de regarder son bulletin de salaire !

Comment se matérialise la subrogation sur la fiche de paie ? 

👉 Lorsque l'employeur pratique la subrogation, les IJSS subrogées doivent obligatoirement figurer sur la fiche de paie. En effet, celles-ci sont versées par l’employeur au salarié, via le bulletin de salaire.

A contrario, en l'absence de subrogation, le  paiement des IJSS est effectué par la CPAM au salarié. Les IJSS non subrogées ne figurent pas sur la fiche de paie du salarié. L‘employeur doit simplement fait figurer une retenue sur salaire pour absence sur le bulletin de salaire. De ce fait, si le salarié est absent tout le mois, une fiche de paie peut-être à 0€.

⚠️ Attention : les indemnités journalières de Sécurité Sociale sont décomptées en jours calendaires, c’est-à-dire  tous les jours : du lundi au dimanche, jours fériés compris.

Comment fonctionne le versement des IJSS subrogées ? 

Versement d’IJSS nettes

L’employeur doit verser au salarié le montant net des indemnités, c’est-à-dire après déduction de la CSG/CRDS par la CPAM.

Ce montant est ajouté à la rubrique du bulletin de salaire consacrée aux primes et indemnités non soumises à cotisations. 

La garantie au net versé au salarié

Pour que éviter que le salaire maintenu durant un arrêt maladie soit supérieur au salaire habituel, l’employeur doit calculer le montant de la garantie du net.

Comme vu au paragraphe précédent, les IJSS n’étant pas soumises à cotisations sociales l’employeur calcule le montant de la garantie du net  = salaire brut - IJSS brut - salaire brut résiduel.

Reste à déduire le montant de la garantie du net du salaire brut.

7- Est-ce que la subrogation est imposable ?

👉 Oui, les IJSS subrogées sont imposables.

De ce fait, le prélèvement à la source (PAS) doit leur être appliqué. L’assiette du PAS est donc calculée sur la base du net fiscal augmenté du montant des IJSS imposables.

En revanche, l’employeur ne doit pas faire figurer le montant des IJSS subrogées versées dans le net imposable du bulletin de salaire. Dans le cas contraire, cela reviendrait à effectuer un double décompte sur la déclaration de revenus préremplie du salarié.

Ainsi, les IJSS subrogées entrent dans l'assiette du prélèvement à la source mais pas dans le calcul du salaire net imposable. En effet, les IJSS sont déclarées annuellement par la CNAM à l'administration fiscale.

⚠️ Attention : Les IJSS maladie non professionnelle sont prises en compte dans le PAS dans la limite des 2 premiers mois d’un arrêt de travail continu (60 jours). 

Côté compatibilité, l'employeur doit procéder à la comptabilisation des IJSS nettes en cas de subrogation.

8- Comment mettre en place la subrogation dans votre logiciel de paie ?

À l'étape de création de la fiche de paie et des variables de paie, vous avez cette vue :

Subrogation de salaire - Étape N°1

 

1- Cliquez sur "Afficher mes options" tel que :

Subrogation de salaire - Étape N°2

2- Vous obtenez la vue suivante :

Subrogation de salaire - Étape N°3

3- Cliquez simplement sur "Arrêts" :

Subrogation de salaire - Étape N°4

4- Cliquez sur le bouton "Ajouter un arrêt" tel que :

Subrogation de salaire - Étape N°5

5- Après avoir ajouté les dates de l'arrêt de travail ou de maladie, indiquez le motif de l'arrêt puis cochez la case "Subrogation" tel qu'indiqué :

Subrogation de salaire - Étape N°6

6- Renseignez le type de maintien de salaire ainsi que la période en renseignant la date de début de la subrogation et la date de fin de celle-ci :

Subrogation de salaire - Étape N°7

Vous pouvez ensuite valider afin d'accéder immédiatement à la fiche de paie subrogée ainsi qu'à la DSN corrélative. Ci-dessous un exemple de bulletin de paie avec une subrogation de salaire suite à un arrêt de travail.

9- Exemple de fiche de paie avec subrogation de salaire

Pour vous aider, voici un modèle de bulletin de salaire avec la subrogation de salaire

Fiche de paie avec subrogation de salaire