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Comment mettre en place la mutuelle sur la fiche de paie ?

Article mis à jour le 25/07/2026
Publication initiale le 15/01/2025
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Basé sur 13 avis
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Aurore R.

Avec 15 années d’expérience juridique et sociale, Aurore transmet son expertise paie et SIRH au travers d’articles pédagogiques pour vous simplifier la paie.

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1- Mutuelle et fiche de paie : comment ça marche ?

Comment fonctionne une mutuelle ?

Les mutuelles sont des organismes à but non lucratif de droit privé. Elles sont régies par le code de la mutualité. Leur financement est solidaire, c’est à dire que les mutuelles sont financées grâce aux cotisations de ses membres. Les mutuelles ont un fonctionnement démocratique, leur direction étant assurée par des administrateurs bénévoles élus par les adhérents. Le mot « mutuelle » est protégé et ne peut désigner que les mutuelles soumises au Code de la mutualité.

Les mutuelles sont, originellement, spécialisées en complémentaire santé. Elles ont pour objectif de financer une couverture sociale complémentaire à celle de la Sécurité sociale. Ainsi, l’assuré peut se faire rembourser une partie de ses frais de santé, selon le contrat choisi, en contrepartie d’une cotisation. 

  • Premier niveau de protection sociale : il est assuré par la Sécurité sociale salon un taux appliqué à un tarif de base, le tarif conventionnel.
  • Deuxième niveau de protection sociale : la mutuelle santé assure un deuxième niveau de protection sociale via un remboursement complémentaire. Le niveau de remboursement des frais de santé dépend du niveau de garanties du contrat choisi.

Les mutuelles développent désormais des offres de prévoyance et de retraite complémentaire. Toutefois, les remboursements maladie représentent encore leur activité principale (2/3 de leurs activités selon l’IRDES).

Quelle est la différence entre mutuelle et complémentaire santé ?

On entend souvent parler de « mutuelle » et de « complémentaire santé ». Quelle est la différence  ? La terminologie «  mutuelle santé » est souvent utilisée pour désigner une complémentaire santé. Or :

  • la mutuelle santé est le statut de l’organisme assureur ;

  • tandis que la complémentaire santé est le produit commercialisé, aussi appelée l’assurance santé.

Quelles sont les conditions de mise en place d'une mutuelle d'entreprise ?

La mutuelle d’entreprise doit être basée sur un acte juridique pour pouvoir être mise en place, à savoir : par accord collectif de branche ou par accord d'entreprise, à l'initiative des partenaires sociaux , par référendum ou par décision unilatérale de l'employeur.

Tout employeur du secteur privé doit souscrire à une mutuelle pour le compte de ses collaborateurs. Cette protection est applicable dès l’entrée du salarié dans l’entreprise. Un bulletin d’adhésion est à renseigner par le salarié qui n’a aucune autre démarche à effectuer. L’employeur procède à l’affiliation et le salarié reçoit son attestation d’affiliation et sa carte de mutuelle.

L’employeur choisit librement la mutuelle ainsi que le contrat auquel il souhaite souscrire. La couverture mutuelle collective en entreprise doit respecter certaines conditions :

  • la cotisation employeur est de 50 % minimum : l’employeur prend en charge au moins 50 % de la cotisation mensuelle, le reste est à la charge du salarié sur sa fiche de paie ;
  • un panier de soin minimum est à respecter (socle de garanties minimales) ;
  • le contrat s’applique obligatoirement au salarié qui ne peut la refuser que dans certains cas précisés par la loi : avoir déjà une complémentaire individuelle, être déjà affilié à une mutuelle en tant qu’ayant-droit, salarié en  temps partiel (moins de 15h/semaine), si le salarié est en CDD ou en contrat d’apprentissage.
  • Le contrat s’impose à tous les salariés de l’entreprise (sauf cas où ceux-ci peuvent la refuser)
  • La couverture des ayants droit (enfants ou conjoint) du salarié peut être proposée mais n'est pas obligatoire pour l'employeur.

Qui peut bénéficier d’une mutuelle ?

Depuis l’Accord National Interprofessionnel (ANI), entré en vigueur en 2016, tout employeur du secteur privé est obligé de faire bénéficier d’une mutuelle tous les salariés qui n’en disposent pas par ailleurs.

Les TNS (travailleurs non salariés) sont incités à souscrire à une mutuelle par le biais d’avantages fiscaux. En effet, toutes les cotisations versées au titre de leur protection sociale (mutuelle, prévoyance et retraite) peuvent être déduites du revenu imposable.

Les personnes dont les revenus sont insuffisants pour souscrire à une complémentaire santé peuvent bénéficier de la CMU-C (la Couverture Maladie Universelle - mutuelle gratuite) ou l’ACS (Aide à l’acquisition d’une complémentaire santé – aide financière pour diminuer le montant de la cotisation).

La mutuelle doit-elle être maintenue en cas de suspension du contrat de travail ?

  • Oui  si le salarié est en cours d’indemnisation (ex : arrêt maladie ou congé maternité)
  • Non si le salarié n’est pas indemnisé (ex : congé sans solde ou congé parental

En cas de rupture du contrat de travail, les salariés bénéficient du maintien de la mutuelle durant toute la période d’indemnisation du chômage sauf s’ils ont commis une faute lourde.

Comment se calcule la contribution de l'employeur ?

Le montant des versement santé est calculé mensuellement en fonction d’un montant de référence auquel on applique un coefficient.

  • Le montant de référence correspond à la contribution mensuelle de l’employeur au financement de la couverture santé collective de la catégorie à laquelle appartient un salarié. Le montant de référence est fixé à 16,34€ (5,45€ pour le régime Alsace-Moselle)
  • Le coefficient appliqué au montant de référence est de 105 % pour les salariés en CDI et de 125 % pour les salariés en CDD.

Ces versements santé sont exonérés de cotisations sociales. En revanche, dans les entreprises d’au moins 11 salariés, les versements santé sont soumis à la CSG-CRDS et au forfait social ;

Comment être dispensé d'adhérer à la mutuelle d'entreprise ?

Est-ce qu’un salarié peut refuser d’adhérer et de cotiser à la mutuelle d’entreprise ? En principe NON.

Sauf cas particuliers dans lesquels l’employeur peut délivrer une dispense d'adhésion à la mutuelle d'entreprise à certains salariés, notamment :

  • Contrat de travail à durée déterminée (CDD) de moins de 3 mois;
  • Contrat de mission de moins de 3 mois (intérimaires)
  • Contrat à temps partiel (jusqu'à 15 heures par semaine) ;
  • Les salariés ayant déjà une complémentaire individuelle;
  • Les salariés étant déjà affiliés à une mutuelle en tant qu’ayant droit,

L’employeur doit toutefois proposer la mutuelle à TOUS les salariés y compris les apprentis et les contrats de professionnalisation. Les salariés ont ensuite le choix de demander la dispense d’adhésion dans les cas énumérés précédemment.

Quel est le régime fiscal des cotisations de mutuelle ?

Part patronale 

Les cotisations patronales, c’est-à-dire la contribution financière de 50% minimum du montant total des cotisations, sont fiscalement déductibles du bénéfice imposable de l’entreprise à condition de ne pas dépasser 5% du Plafond Annuel de Sécurité Sociale (PASS) additionné de 2% de la rémunération annuelle brute du salarié ;

Le total ne doit pas dépasser de 2 % de 8 fois le PASS.

La contribution patronale est considérée comme un complément de rémunération et s’apparente donc à un salaire, bien qu’elle ne soit pas versée directement au salarié. La part patronale n'est donc pas fiscalement déductible pour le salarié qui paie l’impôt sur le revenu sur ce montant.

Part salariale

La part salariale n’a aucun impact sur l’entreprise.

En revanche, celle-ci elle est déductible de l’impôt sur le revenu des salariés dans la double limite suivante :

En cas d’excédent, celui-ci est ajouté à la rémunération imposable du salarié. 

Quel est le régime social des cotisations de mutuelle ?

Part patronale

L‘employeur bénéficie d’une exonération de cotisations sociales, à condition :

  • que le montant des contributions annuelles versées pour un salarié ne dépasse 6% du PASS additionné de 1,5 % de la rémunération brute annuelle du salarié ;

  • dans la limite de 12 % du PASS.

La contribution de l’employeur exonérée de cotisations de Sécurité sociale reste soumise :

  • au forfait social, mais à un taux réduit de 8%. Les entreprises de moins de 11 salariés ne sont pas soumises au forfait social;
  • à la CGS (9,2%) et à la CRDS (0,5%).

Part salariale

Elle n’est soumise à aucune cotisation sociale.

Tableau récapitulatif du régime social et fiscal des cotisations de mutuelle

Régime fiscal

Conséquence pour le salarié

Conséquence pour l’entreprise

Part patronale

Soumise à l’impôt sur le revenu (intégré dans l’assiette du PAS)

Déductible du bénéfice imposable condition de :

Ne pas dépasser 5 % du plafond annuel de la Sécurité sociale, additionné de 2 % de la rémunération annuelle brute du salarié.

Le total ne doit pas dépasser 2 % de 8 fois le PASS.

Part salariale

Déductible de l’impôt sur le revenu à condition de :

Ne pas dépasser 5 % du plafond annuel de la Sécurité sociale, additionné de 2 % de la rémunération annuelle brute du salarié.

Le total ne doit pas dépasser 2 % de 8 fois le PASS.

Aucune

Régime social

 

 

Part patronale

Exonération sociale, à condition que :

Le montant des contributions annuelles versées pour un salarié ne dépasse 6 % du PASS additionné de 1,5 % de la rémunération brute annuelle du salarié ;

Dans la limite de 12 % du PASS.

 

Part salariale

Soumise à aucune cotisation sociale

Soumise à aucune cotisation sociale

Quels risques en cas de non-respect des obligations en matière de mutuelle ?

Cas N°1 : L’employeur n’a pas mis en place de mutuelle entreprise

La mutuelle d’entreprise est obligatoire depuis le 1er Janvier 2016. Pourtant le texte n‘a prévu aucune sanction si l’employeur ne satisfait pas à son obligation.

Toutefois, si l’employeur ne respecte pas son obligation de mise en place d’une mutuelle d’entreprise, les salariés peuvent attaquer devant les Prud'hommes pour :

  • réclamer la mise en place d’une couverture santé collective ;

  • demander un dédommagement à l’employeur en cas de lourds frais médicaux ;

  • faire valoir au moment de la rupture du contrat de travail son droit à bénéficier de la mutuelle lorsqu’il était salarié pour profiter de la portabilité durant sa période de chômage. Il peut obtenir un dédommagement.

Cas N°2 : Le contrat de mutuelle mis en place n’est pas conforme

Pour bénéficier du régime social et fiscal avantageux, le contrat de santé collectif doit être responsable, obligatoire et uniforme pour tous les salariés d’une même catégorie.

Si la mutuelle déroge à ces conditions, l’employeur doit intégrer la contribution patronale à son financement dans l’assiette des cotisations sociales. Dans le cas contraire :

  • l’employeur s’expose à un redressement de la part de l’URSSAF en cas de contrôle ;

  • les contributions des salariés ne sont pas déductibles de leur revenu imposable.

Cas N°3 : La cotisation employeur est insuffisante

L’employeur doit obligatoirement prendre en charge au minimum 50% de la cotisation, au titre du contrat santé collectif.

Dans le cas contraire, il s’expose à des sanctions de la part :

  • de l’inspection du travail;

  • ou du juge prud’homal en cas de contentieux.

Cas N°4 : Les garanties de la mutuelle sont insuffisantes

La mutuelle santé entreprise doit respecter un socle commun de garanties minimales que l’on appelle le panier de soins minimum. Celui-ci est fixé par la loi.

S’il y déroge, les salariés sont fondés à engager une action prud’homale contre l’employeur.

Comment bénéficier de la portabilité de la mutuelle après le départ du salarié ?

Un salarié, ainsi que ses ayants droit, peut continuer à bénéficier de la mutuelle de l'entreprise à la fin de son contrat de travail s’il remplit toutes les conditions suivantes :

  • La rupture du contrat de travail a un motif autre que la faute lourde ;
  • La fin du contrat de travail ouvre droit à une prise en charge par Pôle Emploi;
  • Le salarié adhère et cotise à la mutuelle de l'entreprise.

Ce dispositif est appelé « portabilité de la mutuelle ». Il permet au salarié de continuer à bénéficier de la couverture santé après son départ de l’entreprise pendant la période d’indemnisation du chômage :

  • pour une durée égale à son ou ses derniers contrats de travail chez le même employeur;
  • dans la limite de 12 mois.

Pour que le salarié puisse en bénéficier, l’employeur doit :

  • signaler le maintien des garanties dans le certificat de travail ;
  • informer l’organisme de mutuelle de la cessation du contrat de travail.

2- Comment mettre en place la mutuelle dans le logiciel de paie ?

Tutoriel simplifié

Sur Fiche-Paie.net la mise en place de la mutuelle est simplifiée afin de vous faire gagner du temps. Dans votre compte utilisateur, cliquez sur l’onglet "Mes entreprises"  qui vous donne accès à cette vue qui présente votre/vos entreprises configurées sur le logiciel de paie :

Comment mettre en place la mutuelle sur la fiche de paie ? Étape N°1

Cliquez ensuite sur "Modifier" de l'entreprise concernée par la mise en place de mutuelle :

Comment mettre en place la mutuelle sur la fiche de paie ? Étape N°2

Vous avez alors accès aux deux onglets principaux de la configuration d'une entreprise dans votre logiciel de paie.

Cliquez simplement sur l'onglet "Déclarations Sociales" tel que :

Comment mettre en place la mutuelle sur la fiche de paie ? Étape N°3

Vous pouvez importer la fiche de paramétrage fournie par votre mutuelle afin de la configurer directement en cliquant sur "Choisissez un fichier".

Suivez les instructions indiquées par la mutuelle. La fiche de paramétrage est habituellement disponible au format xml sur le compte Net-entreprises de votre entreprise.

Pour chaque contrat, il convient de bien vérifier si les informations suivantes sont renseignées afin de finaliser le paramétrage :

  • les dates de début et de fin de validité,
  • la périodicité de paiement et le premier mois de périodicité,
  • la prise en charge par l'entreprise (par exemple : "50" pour 50 %) ,
  • les salariés concernés à ajouter (uniquement s'il y a des cotisations individuelles),
  • les cotisations individuelles, établissement, assiette..etc.. et tout élément indispensable à sa mise en place.

Ces informations ne sont pas toujours renseignées avec l'import de la fiche de paramétrage.

ou

Vous pouvez ajouter manuellement un contrat de mutuelle en cliquant sur le bouton "Ajouter un contrat".

Vous obtenez cette vue :

Comment mettre en place la mutuelle sur la fiche de paie ? Étape N°4

Il convient de remplir les différents champs associés à votre contrat :

  • Les dates
  • Les différents codes
  • La répartition entre la part entreprise et salarié
  • etc..

Il est important de ne pas oublier les cotisations individuelles et/ou Etablissement ainsi que de lier le contrat à un salarié en le sélectionnant dans la dernière rubrique "Salariés concernés".

Cliquez sur "Ajouter" puis Validez.

Une fois ces informations validées, la mutuelle ainsi paramétrée sera automatiquement ajoutée et calculée lors de la création d'une fiche pour cette entreprise.

Cela se vérifie car dans les options que vous pouvez ajouter lors de la création d'une fiche de paie en ligne, celle qui concerne la mutuelle est grisée car vous possédez un contrat :

Comment mettre en place la mutuelle sur la fiche de paie ? Étape N°5

Vous pouvez également calculer et renseigner par vous-même la mutuelle prise en charge par votre entreprise et par le salarié concerné.

Pour cela, cliquez sur "Ajouter des options" lors du processus de création d'une fiche de paie, puis cliquez sur "Mutuelle et Taux AT/MP" :

Comment mettre en place la mutuelle sur la fiche de paie ? Étape N°6

Renseignez simplement la part de mutuelle payée par le salarié sur la période en cours, tout comme celle prise en charge par l'employeur (part patronale), dans les champs prévus à cet effet.

Modèle d'une fiche de paie avec mutuelle

Fiche de paie avec mutuelle paramétrée

Sources :